| 經營企劃處 | 掌理經營策略規劃、運輸規劃、整合行銷、視覺傳播、部門經營績效評鑑、國際交流等事項。 |
| 站務處 | 掌理捷運系統站務管理、票務處理及規章制度之研(修)訂等事項。 |
| 行車處 | 捷運系統行車運轉、車輛調度及規章制度之研(修)訂等事項。 |
| 車輛處 | 掌理捷運系統電聯車設施設備維修與技術之研究發展、規章制度之研(修)訂及技術服務等事項。 |
| 系統處 | 掌理捷運系統供電、通訊、號誌等設施設備維修與技術之發展及規章制度之研(修)訂等事項。 |
| 電機處 | 掌理捷運系統環控、電(扶)梯與水電等設施設備維修與技術之發展及規章制度之研(修)訂等事項。 |
| 工務處 | 掌理捷運系統土建、軌道等設施設備維修與技術之發展、新建工程及規章制度之研(修)訂等事項。 |
| 財務處 | 掌理財務目標、策略、長短期計畫之研訂、分析規劃，與財產管理、保險管理、資金調度、出納及料帳等事項。 |
| 商業發展處 | 掌理捷運系統之廣告、車站販賣店、停車場、地下街商店等附屬事業之經營管理及行銷規劃等事項。 |
| 資訊處 | 掌理電腦設備之管理、主機之操作、應用系統之發展維護等公司整體資訊發展事項。 |
| 人力資源處 | 掌理組織發展、人事管理、勞資關係與人力發展規劃、訓練等事項。 |
| 供應處 | 掌理營運材料、機具、儀器、零件等採購，與工程、勞務之發包、物料規劃及倉儲管理等事項。 |
| 工安處 | 掌理公司品質政策、目標、整體營運系統安全及職業安全衛生之規劃督導等事項。 |
| 遊憩休閒事業處 | 掌理遊憩休閒事業之經營管理、維修等營運事項。 |
| 行政處 | 掌理文書、印信、檔案、事務管理、公共關係、 法務及不屬於其他各單位等事項。 |
| 會計處 | 掌理歲計、會計及統計等事項。 |
| 法政處 | 掌理員工貪瀆不法之預防、發掘、查處、設施安全維護、公務機密維護等事項。 |
| 新事業開發處 | 掌理物業開發、物業管理、新商業發展等事業之經營管理及規劃等事項。 |
| 稽核室 | 掌理公司業務、帳務、財務之稽核、異常狀況之分析與改善建議等事項。 |
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